Tšernobylin ydinvoimalassa tapahtuu vuonna 2006 toinen katastrofi. Seurauksena ympäröivä alue saastuu entisestään, aiheuttaen samalla outoja muutoksia kasveihin ja eläviin olentoihin. Ilmiöitä jotka uhmaavat fysiikan lakeja havaitaan ja alue eristetään ulkomaailmasta täysin. "Stalkerit" uhmaavat alueen vaaroja, tunkeutuen laittomasti tutkimaan aluetta sekä etsimään huhuttuja 'artifakteja' -esineitä joilla on selittämättömiä ja ihmeellisiä vaikutuksia.